L’histoire du jeu commence en 1996 lorsque l’inventeur / scientifique Dr. Fluke Hawkins pense avoir fait une découverte révolutionnaire : un phénomène spatial extérieur qu’il appelle «Flange Orbits». Cependant, quand il s’approche de la communauté scientifique avec sa découverte, il est ridiculisé. Déterminé à prouver à ses collègues qu’il a raison, Hawkins construit une station spatiale, le Jim Dandy, et réussit à convaincre son concierge de laboratoire, Kurt Hectic, de l’accompagner, au moyen d’un goulash hongrois. Il lance alors la station en orbite, projetant que la mission durera cinq jours. Cependant, au bout d’une semaine, Hawkins réalise que les “Flange orbits” n’existent pas réellement, mais plutôt que de revenir honteux sur terre, il décide de rester sur le Dandy pour essayer de découvrir quelque chose. Kurt est extrêmement mécontent de ce développement, mais une fois qu’Hawkins lui montre comment programmer le magnétoscope, il se calme.
Un an plus tard, toujours sans découverte, Hawkins commence à travailler à la construction d’un chien robotique génétiquement modifié, qu’il envisage d’appeler «Bones». Après un an, Bones est pleinement opérationnel, bien que Bones et Kurt préfèrent le nom Max. Malgré ses quatre bras et deux jambes, et étant plein d’énergie, Max est quelque peu réticent à aider Hawkins avec les corvées sur le Dandy, se montrant plus intéressé à s’occuper de son potager.
Une autre année passe sans découverte jusqu’à ce que Hawkins remarque des flux d’énergie se déplaçant à travers le système solaire vers la Terre. Il envoie un avertissement vers la terre ,avec quelques-uns des oranges de Max, mais est ignoré. En arrivant sur Terre, les flux libèrent de gigantesques «Minecrawlers», des véhicules de la taille d’une ville conçus pour dépouiller les ressources naturelles de la planète, Hawkins décide de prendre des mesures pour sauver la planète. La seule façon de vaincre les extraterrestres est d’utiliser le ” Coil Suit”, combinaison nouvellement inventée. Kurt est le seul qui peut le porter, et, devient ainsi le héros malgré lui.
En tant que tel, Kurt se voit confier la Mission Délivrer la Bonté (“Mission: Deliver Kindness) : entrer dans les Minecrawlers d’en haut, et les détruire de l’intérieur, en trouvant le pilote, qu’il tue ensuite, avant d’être extrait de nouveau vers le Jim Dandy . Kurt se fraie un chemin dans un certain nombre de Minecrawlers, les détruisant un par un, jusqu’à ce qu’il atteigne le Crawler piloté par Gunter Glut, chef de l’invasion des extraterrestres. Kurt détruit le Minecrawler final, mais Glut capture Max, et s’échappe dans un courant d’énergie menant à son navire de base. Kurt donne chasse et libère Max, convainc Glut de le manger. puis tue Glut en l’explosant de l’intérieur. Les deux alors s’échappent et détruisent le navire de Glut. La séquence finale est un mélange monochrome d’un clip musical français (“Non Non Rien N’a Changé” de Billy Ze Kick) et des extraits de la vidéo promotionnelle MDK.
